对于军队腐败，政府也下令狠心整治。根据萨洛尼卡的举报信，当地军队下属的第二步兵师中，士兵们领到的新军服“薄如蝉翼，遇雨即透”，军靴鞋底“行走不足半月便已磨穿”；食堂伙食质量极差，克扣严重；承诺的作战津贴也迟迟未能足额发放。
根据秘密探查，负责全军被服、食品采购的军需处长，奥斯曼人穆斯塔法少校，将所有采购合同都指定给了其内弟在普罗夫迪夫开设的几家公司。这些公司以高出市场价50%至100%的价格向军方供货，提供的却是劣质商品。
各团、营长们也纷纷效仿，在各自的职权范围内克扣士兵津贴、倒卖军用物资，形成了层层盘剥的腐败生态。
拿到确凿证据后，政府派遣伊朗的亲卫军逮捕了共计17名核心涉案军官。根据军事法庭审判，其中三位主谋被判处死刑，立即执行枪决。其余14名涉案军官根据情节轻重，分别被判处终身苦役或二十年徒刑，所有非法财产均被抄没。
这场案子被称为打响军队整治的第一枪，从上到下的军官都非常惶恐。他们想要造反，但伊朗征召过来的士兵也开始驻扎在当地，除非得几万人，不然肯定是死无葬身之地。
此外，奥斯曼和伊朗还是有相当的不同，伊朗90%以上的人是信仰什叶派和逊尼派，亚美尼亚教会、东正教、犹太教、祆教、天主教加在一起也不超过8%，因此可以很顺利的推行各种政策。
而奥斯曼不同，东正教、犹太教、亚美尼亚教会的基数太大，如果除去埃及这个不听话的附属，逊尼什叶两派只能占70%。特别是东正教，在俄国的支持下日渐壮大。
因此在宗教政策上，纳赛尔丁必须慎之又慎。而波斯尼亚又是宗教最复杂的地方，因此自治法令才在这里颁布。
其实说真的，奥斯曼之前废除的米勒特制度倒是能够解决一部分问题。根据宗教划分数个米勒特，在一定程度上保留自治权利，只需要给政府上交税收就行。
但简单地恢复旧米勒特也不行，那意味着承认宗教隔离的永久化，与他推动帝国融合的终极目标背道而驰。
在新公布的政令中，政府允许各宗教社区保留其在家庭法和宗教仪式领域的完全司法自治权，由各自的宗教领袖和法庭负责。这满足了宗教社群的核心诉求，也符合传统中对“有经人”的宽容政策。
利用初步稳定的窗口期，纳赛尔丁授意卡米尔帕夏，对奥斯曼旧的官僚体系进行了一次大规模的秘密审计和清洗。无数贪腐、无能、忠于旧主的官员被悄无声息地免职或调离要害部门，取而代之的是经过筛选的、有能力且愿意效忠新秩序的官员，其中不乏一些因新政策而获得晋升的基督徒和犹太人技术官僚。
伊朗培养的众多官僚和学生也填补上了空缺，
然而，他比任何人都清楚，这仅仅是开始。旧势力的怨恨并未消失，只是暂时潜伏；俄国的敌意有增无减；庞大的财政赤字和落后的经济基础仍是悬在头顶的利剑；将两个文化、语言、传统迥异的帝国真正融合，更是前无古人的艰巨挑战。
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